Bien que les caractéristiques épidémiologiques et microbiologiques des kératites bactériennes puissent varier géographiquement, les bactéries demeurent les micro-organismes principalement responsables de kératites infectieuses dans les climats tempérés [1 , 4]. La plupart des bactéries ayant une taille inférieure ou proche de la limite de résolution de l'ICVM (soit 5 μm), peu d'études ont décrit les aspects des kératites bactériennes avec cette technique d'imagerie. La très grande majorité des bactéries ne peuvent donc pas être visualisées directement, à l'exception de celles ayant une morphologie particulière, une forme filamenteuse ou une grande taille comme Bacillus cereus [5], Borrelia burgdorferi [6] ou Nocardia [7] et dans les kératites microcristallines [8]. La résolution actuelle est, en général, insuffisante pour différencier les bactéries des cellules inflammatoires et des débris cellulaires, et le prélèvement cornéen par grattage et mise en culture (et/ou analyse génomique) reste donc l'examen de référence.

Les infections virales sont une cause fréquente de kératites infectieuses, et celles à herpes simplex virus (HSV) sont parmi les plus fréquentes dans les pays développés [ 9]. Les signes cliniques étant souvent non spécifiques, des examens complémentaires sont souvent utiles. Comme pour les kératites bactériennes, l'utilité de l'IVCM dans le diagnostic et la prise en charge des kératites virales est limitée par sa résolution actuelle, et peu d'études ont réellement évalué son potentiel en tant qu'outil diagnostique. Néanmoins, la microscopie confocale a été utilisée pour suivre les altérations tissulaires induites par les infections herpétiques et adénovirales. Des infiltrats de cellules dendritiques sous-épithéliales ou encore des cellules épithéliales « ballonisées» hyper-réflectives (2 à 3 fois la taille des cellules épithéliales) peuvent être retrouvés dans les zones de kératite [ 10] (fig. 35-1 ). L'IVCM serait aussi utile dans le diagnostic différentiel de pathologies associées à un œdème de cornée. Par exemple, chez des patients ayant un diagnostic de kératite disciforme à HSV, la visualisation d'anomalies endothéliales typiques d'un syndrome irido-cornéo-endothélial ( ICE syndrome ) telles que l'« épithélialisation» des cellules endothéliales ou la visualisation de cellules endothéliales anormalement élargies diffuses, caractéristiques de la dystrophie endothéliale de Fuchs , permettrait de différencier ces pathologies d'une kératite herpétique disciforme [11 , 12].

Les kératites fongiques sont fréquemment sévères, avec un risque important de morbidité oculaire [13]. Les méthodes de diagnostic microbiologique comme l'examen direct des prélèvements, la culture fongique, ou récemment la PCR ont des degrés variables de sensibilité (entre 40 % et 99 %). Seuls 65 % à 75 % des examens directs sur prélèvements colorés en Gram ou en Giemsa sont positifs pour les champignons [14], et un quart des cultures fongiques ne deviennent positives qu'à partir de 2 semaines, voire plus. Ce délai dans le diagnostic, et donc dans l'initiation d'un traitement approprié, peut contribuer au pronostic péjoratif [14]. Les champignons filamenteux de type Aspergillus et Fusarium sont les plus fréquemment responsables de kératites fongiques, et apparaissent en IVCM comme des filaments enchevêtrés hyper-réflectifs d'environ 3-10 μm de largeur et 200-400 μm de longueur (fig. 35-2 ).

Le pronostic des kératites à Aspergillus étant moins bon que celui des kératites à Fusarium et les traitements pouvant aussi différer, il est donc judicieux de chercher à les différencier précocement. Brasnu et al. ont rapporté une différence d'angulation entre les ramifications des filaments visualisés : 90° pour les Fusarium contre 45° pour les Aspergillus [15]. D'après les données de la littérature, la sensibilité et la spécificité de l'IVCM dans la détection de ces champignons sont de 66,7 % à 85,7 % et de 81,4 % à 100 %, respectivement. Chidambaram et al. ont retrouvé une variation de la sensibilité et de la spécificité de l'IVCM en fonction du stade d'évolution : sensibilité élevée (95 %) et spécificité faible (53 %) au stade précoce (symptômes datant de moins de 4 jours), mais sensibilité plus faible (72 %) et spécificité plus élevée (91 %) dans les formes tardives (plus de 10 jours depuis les premiers signes) [16].

Un prélèvement cornéen par grattage peut s'avérer trop superficiel pour ces lésions fongiques qui sont souvent profondes; l'IVCM est alors un outil important pour compenser le risque de faux négatif en culture [ 17 , 18]. L'IVCM est utilisée non seulement pour le diagnostic, mais également pour évaluer l'efficacité du traitement et ses effets toxiques. On constate une diminution progressive de la densité des filaments et du nombre de cellules inflammatoires lorsque le traitement est adapté, avec à terme une normalisation de l'aspect des kératocytes du stroma.

Les kératites amibiennes sont aussi des infections à risque de séquelles sévères. Le diagnostic et la mise en place d'un traitement adapté sont souvent retardés, à l'origine de ce mauvais pronostic. Le diagnostic microbiologique par examen direct et culture peut prendre plusieurs jours à plusieurs semaines, avec un taux de positivité compris entre 0 % et 68 % [ 19]. La PCR est la technique de référence avec une spécificité de 100 % [20], mais elle n'est pas facilement accessible sur tout le territoire et sa sensibilité n'est que de 80 % environ, notamment en raison des nombreuses causes de résultats faussement négatifs, par exemple lorsque les prélèvements sont trop superficiels ou en cas de présence d'inhibiteurs de PCR dans l'échantillon (résidus de collyres à la fluorescéine ou anesthésiques topiques).

L'IVCM devient alors particulièrement intéressante, notamment en présence d'infiltrats trop profonds pour être accessibles aux prélèvements, ou lors de résultats microbiologiques négatifs, ou encore dans des cas de progression lente du micro-organisme, voire en cas de co-infection (situation d'ailleurs fréquente, pouvant masquer une infection amibienne si le prélèvement bactériologique est revenu rapidement positif). Selon les études, la sensibilité et la spécificité de l'IVCM dans les kératites amibiennes varient respectivement de 56 % à 100 % et de 77 % à 100 %. La présence de trophozoïtes et de lésions rondes hyperréflectives avec halo hyporéflectif est pathognomonique de kératite amibienne (fig. 35-3 ), mais il existe malheureusement beaucoup d'images qui peuvent y ressembler pour un examinateur non averti. Si la présence de ces signes en microscopie confocale permet une certitude diagnostique et une mise en place rapide du traitement anti-amibien [21], une inflammation cornéenne importante peut entraîner une hyperréflectivité en IVCM qui masque les images évocatrices [16]. La kératonévrite radiaire, signe quasi pathognomonique de kératite amibienne à la lampe à fente, peut aussi être observée en en IVCM, jusque dans 7,1 % des kératites amibiennes avérées malgré une PCR négative [21 , 22] (fig. 35-4 ).

Comme pour les autres causes infectieuses de kératites, l'IVCM permet de suivre l'efficacité du traitement, car il est souvent difficile de distinguer les effets toxiques du traitement anti-amibien de ceux d'une progression de l'infection à Acanthamoeba . La répétition systématique et rapprochée d'examens de microscopie confocale a montré que les trophozoïtes et les kystes disparaissent en règle au bout de 4-6 semaines [21].