La définition des dystrophies cornéennes a beaucoup évolué depuis le début du XXI ^e siècle avec le développement de la génétique moléculaire. Au XX ^e siècle, on définissait les dystrophies cornéennes comme des kératopathies héréditaires bilatérales, avasculaires entraînant une perte de la transparence ou des propriétés optiques de la cornée. Celles-ci étaient le plus souvent isolées et parfois associées à un désordre métabolique général. Le diagnostic des dystrophies cornéennes reposait sur l'arbre généalogique, les signes fonctionnels et l'aspect retrouvé à la lampe à fente. Le caractère autosomique dominant ou récessif et la transmission liée au chromosome X étaient déterminés à partir de l'arbre généalogique en utilisant les lois de Mendel. Aucun diagnostic moléculaire et aucune imagerie n'était alors disponible. La confirmation du diagnostic était apportée par l'étude histologique de la cornée après la greffe en utilisant les colorations appropriées (trichrome de Masson, acide périodique Schiff, rouge Congo, etc.). Dans certains centres, une étude ultrastructurale en microscopie électronique apportait des éléments diagnostiques supplémentaires permettant, par exemple, de distinguer la dystrophie de Reiss-Bücklers de celle de Thiel-Behnke.

Au début du XXI ^e siècle, l'International Committee for Classification of Corneal Dystrophies (IC3D) les a définies comme des maladies cornéennes héréditaires généralement bilatérales, symétriques, lentement progressives et sans relation avec des facteurs environnementaux ou systémiques [1]. Cette définition exclut du champ des dystrophies les maladies génétiques systémiques comportant une atteinte cornéenne, comme les mucopolysaccharidoses, la fish eye disease (déficit en α-lécithine cholestérol acyltransférase), la tyrosinémie, la cystinose, la mannidose (déficit en α-mannosidase), la fucosidose (déficit en α-fucosidase), l'alcaptonurie (déficit en acide homogentisique oxydase), les hyperlipoprotéinémies, la maladie de Tangier, la maladie de Fabry et les mucolipidoses de types II et IV. Sont exclus également les maladies non génétiques liées à des facteurs environnementaux dont font partie les dégénérescences cornéennes. Ainsi, certaines pathologies cornéennes considérées comme des dystrophies au XX ^e siècle ont été écartées dans la classification nosologique du XXI ^e siècle.

Avec cette définition plus précise s'est développé le diagnostic en génétique moléculaire . Progressivement, la génétique moléculaire s'est imposée comme diagnostic de certitude d'une dystrophie cornéenne dès lors qu'une localisation dans le génome humain a pu être associée à une dystrophie donnée, puis que des mutations d'un gène bien défini ont pu être associées à des dystrophies.

On voit que, dans cette classification en catégories, les dystrophies de catégorie 4 peuvent être en fait des dégénérescences cornéennes. À chaque mise à jour de la classification des dystrophies publiée par l'IC3D, des pathologies cornéennes sont exclues de la classification. Ce processus est progressif, avançant avec les progrès des connaissances en génétique moléculaire des maladies de la cornée.

Actuellement, la plus fréquente des dystrophies cornéennes, la dystrophie de Cogan , est toujours classée comme une dystrophie de catégorie 4 alors qu'il s'agit d'une dégénérescence cornéenne sans lien avec une maladie génétique. La dystrophie de François est également une dégénérescence cornéenne et non une maladie génétique de la cornée. Au sein des dystrophies épithéliales source de kératalgies récidivantes, trois dystrophies correspondent à des dégénérescences cornéennes et non à des maladies génétiques de la cornée. Il s'agit de la dystrophie de Franceschetti , de la dystrophia Smolandiensis et de la dystrophia Helsinglandica . Il en est de même pour la dystrophie cornéenne mucineuse sous-épithéliale. La dystrophie cornéenne prédescemétique est également une dégénérescence dénommée cornea farinata . Il est certainement préférable d'utiliser ce deuxième terme pour la dénommer afin de ne pas la considérer comme une maladie génétique de la cornée.

Ces dystrophies n'ont pas été exclues de la classification des dystrophies cornéennes, mais elles sont classées en catégorie 4. Il existe donc une ambiguïté dans l'utilisation du terme « dystrophie» pour la cornée. Ce terme devrait être réservé aux pathologies génétiques de la cornée, mais il est encore utilisé pour des dégénérescences. Il est probable qu'à l'avenir la dystrophie de Cogan sera dénommée dégénérescence de la membrane basale épithéliale.

Il est difficile de donner une définition univoque positive d'une dégénérescence cornéenne. Bien souvent, une dégénérescence est définie par ce qu'elle n'est pas. Il s'agit d'une pathologie cornéenne dont l'origine n'est ni génétique, ni infectieuse, ni immunitaire, ni le résultat d'une anomalie du développement, ni la conséquence directe d'un traumatisme cornéen. En général, une dégénérescence tissulaire est définie comme une détérioration et une diminution de sa fonction.

Dans la littérature, les dégénérescences cornéennes ont classiquement été définies par opposition aux dystrophies. Elles peuvent être unilatérales ou bilatérales et sont souvent asymétriques. Il n'y a pas d'antécédents familiaux et beaucoup de dégénérescences cornéennes sont liées au vieillissement. Elles sont souvent excentriques ou périphériques et peuvent être vascularisées. Des pathologies locales ou systémiques sont souvent associées aux dégénérescences cornéennes. L'altération de la transparence cornéenne est un signe commun des dégénérescences cornéennes. Selon la localisation centrale ou périphérique, cette diminution de la transparence cornéenne entraînera ou non une baisse de la vision.

Une caractéristique commune des dégénérescences cornéennes est leur apparition progressive par opposition aux pathologies infectieuses, immunitaires ou traumatiques dont la présentation est le plus souvent aiguë. Elles peuvent être classées en fonction de leur localisation antérieure ou postérieure, en fonction de leur évolutivité, comme modification de la cornée liée à l'âge ou bien en dépôt de matériel dans la cornée, et en dégénérescence centrale ou marginale.